山东科大学积极推进学部制改革，组建能源学部、人工智能学部、先进制造学部等3个学部，学部主任由校领导担任。
能源学部
由能源与矿业工程学院、安全与环境工程学院、测绘与空间信息学院、地球科学与工程学院、土木工程与建筑学院、化学与环境工程学院、资源学院、采矿工程研究院、冲击地压防治研究院、海洋能源开发与利用研究院、矿山灾害预防控制实验室、低碳能源化工实验室等单位组建能源学部。
校长姚庆国兼任能源学部主任，学部组成单位行政主要负责人兼任能源学部副主任。
人工智能学部
由计算机科学与工程学院、数学与系统科学学院、电气与自动化工程学院、电子信息工程学院、电气信息系、智慧矿山与智能装备研究院等单位组建人工智能学部。
副校长周东华兼任人工智能学部主任，学部组成单位行政主要负责人兼任人工智能学部副主任。
先进制造学部
由机械电子工程学院、材料科学与工程学院、交通学院、海洋科学与工程学院、智能装备学院、海洋工程研究院、海洋信息技术与工程装备研究院等单位组建先进制造学部。
党委书记罗公利兼任先进制造学部主任，学部组成单位行政主要负责人兼任先进制造学部副主任。